鄂托克旗人民检察院始建于1954年，“文革”期间被撤销，1978年3月恢复重建，2014年10月迁入新建技侦大楼。院领导班子由6人组成（检察长1人、副检察长5人）。内设侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、控告申诉检察科、刑事执行检察局、民事行政检察科、检察技术科、职务犯罪预防局、政工科、办公室、财务装备科、法警队、案件管理办公室、派驻棋盘井检察室、派驻蒙西检察室、基层巡回检察室17个部门以及党支部、工会、团支部、妇委会等党群组织。目前，全院共有干警77人，其中：中共党员33人；检察官26人，书记员12人，法警5人，专项编制人员43人，事业人员34人；蒙古族33人；正科级干部17人，副科级干部7人；全院干警均具有大专以上文化程度，其中大学本科以上65人。

    近年来，鄂托克旗人民检察院以“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，以人民满意不满意作为衡量检察工作的标准，以创建先进检察院等活动为载体，始终重视和加强队伍建设，从强化教育、管理、监督入手，着力加强干警思想作风建设，提高干警素质，以严格管理规范干警行为，以有效监督强化干警公正执法意识，以执法办案实践锻炼干警，通过不懈努力，基层检察院正规化建设迈出新步伐，检察干警专业化水平不断提高。1996年—1999年荣获全市检察机关目标化管理“四连冠”，2001年—2005年，举报控申接待室被高检院命名为全国“文明接待室”，被自治区党委、政府评为“全区政法系统二次创建活动先进集体”，被自治区检察院授予首批“五好检察院”、“人民满意的检察院”、“先进检察院”，被自治区党委、政府命名为“文明单位”、“普法”工作先进单位、先进党支部、学习使用蒙文蒙语先进单位，被市检察院评为先进检察院，全旗首家获自治区机关档案工作目标管理特级先进单位，连续14年被评为旗直机关先进党支部，获旗“人民满意政法机关”、政法系统先进单位、先进党支部、廉政建设先进单位、执法先进单位、综治工作先进单位、民族团结先进集体等称号。2007年2月再次被评为全区先进检察院，2009年被评为全区基层检察院建设进步奖，2004年—2009年连续6年被评为全市先进检察院。2010年-2014年，先后被旗委、政府评为学习使用蒙古语文先进集体、党风廉政建设先进集体、实绩突出单位、综治平安建设工作先进集体、“五五”普法依法治理工作先进集体、社会管理创新先进集体，荣获全市检察机关基层检察院建设延伸检察工作成效显著奖。