鄂托克旗人民检察院始建于1954年，1966--1976年期间被撤销，1978年3月恢复重建。现有院领导班子成员7人（检察长1人、副检察长3人，纪检组长1人，党组成员1人，检察委员会专职委员1名）。内设第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部、办公室、司法警察大队6个部门以及党支部、工会、团支部、妇委会等党群组织。目前，全院共有干警80人，政法专项编制35个（员额检察官15人，检察辅助人员14人，司法行政人员3人，法警3人），书记员13人，财政供养人员26人，公益性岗位2人，临聘人员4人。中共党员32人，蒙古族25人。

近年来，鄂托克旗人民检察院认真落实市院和旗委决策部署，坚持以司法办案为中心，强化法律监督、强化自身监督、强化队伍建设、强化基层基础建设，全面履行法律监督职责，各项检察工作取得了长足进展。2012年至2017年，先后被旗委、政府评为党风廉政建设先进集体、实绩突出单位、综治平安建设工作先进集体、社会管理创新先进集体等，并荣获全市民族团结进步创建活动示范单位、自治区维护青少年合法权益先进集体、全区精神文明单位标兵称号。