2023年8月,鄂托克旗人民检察院接到线索移送,阿尔寨石窟遗址中有3个洞窟被人为损坏,原有壁画被毁坏覆盖成新的壁画。接到线索后,鄂托克旗人民检察院立即成立专门的工作小组,通过实地调查、召开公开听证会、向相关行政主管部门制发检察建议,依法要求相关职能部门对被破坏的文物进行恢复与保护。但此案因石窟破坏时间跨度大,其中涉及承包合同等因素,阿尔寨石窟遭人为损害的3个洞窟的追偿、修复工作困难重重。
2024年3月8日,鄂托克旗人民检察院公益诉讼文物和文化遗产保护检察监督办案组检察人员与国家文物局古建遗产保护专家常兴照共同实地查看了阿尔寨石窟被人为损害的3个洞窟的具体情况,对损害的相关情形进行研判评估,并对其他未清理修复的石窟,就下一步如何更好的进行修复保护听取了专业意见。