鄂托克旗人民检察院于1978年恢复重建。现有工作人员89人，政法专项编制35人（编制数36人），员额检察官12人（我院应配备员额检察官16人，现缺少员额4人），检察官助理14人，司法行政人员6人，司法警察3人，财政供养人员4人（正在办理调任手续），聘用制书记员14人，公益性岗位3人，临聘4人，第三方服务29人。院领导班子成员6名，其中检察长1名，副检察长3名，政治部主任1名，派驻纪检监察组组长1名，专职委员空缺。内设第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部、办公室、司法警察大队6个部门。

近年来，鄂托克旗人民检察院在上级院和旗委的坚强领导下，深入贯彻落实党的二十大精神，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，按照“讲政治、顾大局、谋发展、重自强”的新时代检察工作总要求，紧紧围绕深入贯彻落实全区检察工作“1231”总体要求和“十大举措”，立足服务全旗工作大局，忠实履行法律监督职责，统筹推进“四大检察”“十大业务”，各项检察工作稳步发展。

我院办理的西鄂尔多斯国家级自然保护区公益诉讼系列案、督促追缴企业欠缴税款行政公益诉讼案入选2018、2019年“全区公益诉讼典型案例”；办理的王某某等六人污染环境刑事附带民事公益诉讼案入选2022年全国检察机关“千案展示”案例；2024年，与市院联合办理的鄂尔多斯市四家煤矿企业超量疏干地下水生态环境损害民事公益诉讼案获评最高检检察机关高质效履职办案典型案例；办理的督促税务机关收缴水资源税行政公益诉讼案获评全国水资源保护公益诉讼典型案例；办理的某矿业公司涉嫌非法占用农用地罪相对不起诉行刑反向衔接案入选自治区检察院依法护航民生民利典型案例。

我院先后获评“全市民族团结进步创建活动示范单位”“自治区维护青少年合法权益先进集体”“自治区青少年维权岗”“全区精神文明单位标兵”等20多项荣誉。多名检察人员分获“全国维护妇女儿童权益先进个人”“全区优秀公诉人”“全区优秀书记员”“全市先进工作者”等荣誉称号。